Masyaf, versteckt im Orontestal im heutigen Syrien gelegen, war das Hauptquartier der Assassinen-Bruderschaft in der Levante. Die Nähe zu Jerusalem, Akkon und Damaskus prädestinierte die Stadt als Zentrum des Einflussbereichs der Assassinen in dieser Region.

Zur Zeit des Dritten Kreuzzuges war Masyaf das politische, kulturelle und geografische Zentrum der Assassinen. Masyaf bot den Assassinen zugleich einen Übungsplatz, eine uneinnehmbare Festung, eine umfassende Bibliothek und eine Ausgangsbasis für die Einsätze der Bruderschaft. Doch nach aussen hin bot die Zitadelle der Öffentlichkeit ein anderes Bild, da ihre Bewohner damals recht isoliert von der restlichen Bevölkerung lebten.

Das Leben innerhalb der Mauern von Masyaf war hart und spartanisch und bestand aus vielen streng reglementierten Ritualen und Proben. Ausserdem bildeten die Bewohner eine exklusive Gruppe: Die Assassinen - meistens Männer - wurden in den Orden hineingeboren, nicht rekrutiert. Von Kindesbeinen an wurden sie darauf trainiert, Ihrem Anführer zu gehorchen und die Regeln des Kredos zu befolgen.

Im Jahr 1191 belagerte Robert de Sable die Stadt und die Burg mit seinem Kreuzfahrerheer. Die Assassinen überstanden diesen Angriff, unterlagen aber noch im selben Jahr kurzzeitig von einem anderen Feind, als Al Mualim, der Anführer des Ordens, die Bruderschaft betrog und mithilfe eines Edenapfels die Macht in Masyaf übernahm. Sein Tod durch die Hand Altair Ibn-La'Ahads markierte einen Wendepunkt in der Ideologie der Assassinen.

In den folgenden Jahren gaben die Assassinen viele der von Al Mualim eingeführten, unnötigen Rituale auf. Altair, inzwischen selbst Anführer des Ordens, versuchte, Masyaf in einen Ort des Lernens und der Heilung zu verwandeln und öffnete die Tore der Zitadelle für Rekruten aus der ganzen Welt. Und eine Zeit lang gelang ihm dies ausserordentlich gut...

Jahre später näherte sich die Armee der Mongolen Masyaf.... Altair deckte den Rückzug der Assassinen mithilfe des Edenapfels, woraufhin sich diese in der Welt verstreuten und kein so leichtes Ziel mehr abgaben. Altair ließ zuvor in Masyaf eine Gruft für den Edenapfel errichten, in welcher er sich selbst mit dem Artefakt einschloss.

Erst viele Jahrhunderte später wurde die Gruft von Ezio Auditore geöffnet, welcher den Edenapfel jedoch in seinem Versteck ließ und die Gruft wieder versiegelte.