Die Kanien'kehá:ka sind eine matrilineare Gesellschaft, in der die Abstammungslinie der Mutter die entscheidende Rolle spielt. Die erweiterte Familie wird Clan genannt. Bei den Kanien'kehá:ka gibt es drei Clans - den Schildkröten-Clan, den Wolfs-Clan und den Bären-Clan. Familienname und Clanzugehörigkeit werden von der Mutter an ihre Kinder vererbt.

Alle Clanmitglieder gelten als verwandt, unabhängig davon, welcher der Haudenosaunee-Nationen sie angehören. Zum Beispiel gelten Angehörige des Wolfs-Clans der Kanien'kehá:ka und des Wolfs-Clans der Seneca als Verwandte. Ausserdem praktizieren die Männer und Frauen der Kanien'kehá:ka-Nation Exogamie, das heißt, sie heiraten nur ausserhalb ihrer matrilinearen Clan-Familie

Die Clans spielen in der Gesellschaft der Kanien'kehá:ka eine besondere soziale, spirituelle und politische Rolle und sind ein Eckpfeiler der traditionelleren Regierung der Kanien'kehá:ka. Innerhalb der Clans sind alle Führungsmitglieder gleichberechtigt und allen anderen Clanmitgliedern gegenüber verantwortlich. Eine weibliche Führerin, genannt Iakoiá.ner, oder Clanmutter, hat innerhalb der Nation eine mächtige Führungsrolle inne und kann einen Roiá:ner oder Häuptling wählen, der ihren Clan politisch vertritt. Darüber hinaus hat sie die Macht, ihren Häuptling wieder abzusetzen und durch einen anderen Kandidaten zu ersetzen. Sie zieht dabei alles in Betracht, was sie über den Kandidaten und seine bisherige Lebensführung weiß und entscheidet, wer ein guter Repräsentant ihres Clans wäre. Die Clanmütter wählen ehrliche, verlässliche und kluge Männer, die das Kaianere'kó:wa - das Große Gesetz des Friedens - gut kennen.

Bei den Nationen der Haudenosaunee gibt es acht Clans: Schildkröte, Wolf, Biber, Falke, Aal, Hirsch, Bär und Schnepfe. Bei den Kanien'kehá:ka gibt es drei Clans: Schildkröte, Wolf und Bär.